Johannes (oder auch Johannes-Traugott) Stabenau wurde am 23. Juli 1893 in Rochlitz, Sachsen geboren. Er stammte aus einer Angestelltenfamilie, wurde selber aber Kaufmann. In den Kriegsjahren 1944 und 1945 diente Stabenau als Gefreiter in der Wehrmacht. 1946 trat Stabenau in die Liberaldemokratische Partei Deutschlands ein, verließ sie aber 1947, da er mit ihrem Programm nicht einverstanden war.
Anfang der 1950er Jahre lebte er mit seiner Frau und zwei Kindern in Schöneberg. Seine letzte berufliche Beschäftigung bestand in der Leitung eines medizinischen Labors.
Stabenau wurde während einer Reise nach Jena am 14. Mai 1952 verhaftet. Am 11. September 1952 verurteilte das Militärtribunal der Militäreinheit Nr. 48240 ihn zusammen mit Werner Wittig wegen Spionage gegen die Sowjetischen Streitkräfte in Deutschland zum Tode durch Erschießen nach Artikel 58-6, Teil 1 und 58-11 des Strafgesetzbuches der UdSSR. Das Urteil hatte auch die Einziehung der Wertgegenstände zur Folge, die bei seiner Verhaftung beschlagnahmt worden waren.Johannes Stabenau wurde nach Moskau gebracht, wo am 19. November 1952 das Todesurteil vollstreckt wurde. Er war 59 Jahre alt. Sein Gnadengesuch war am 17. November 1952 vom Präsidium des Obersten Sowjets abgelehnt worden.
Im Jahr 2001 stellte S. W. Urasowski, der Leiter der Abteilung 3 der Verwaltung für die Rehabilitierung von Opfern politischer Verfolgung der Hauptmilitärstaatsanwaltschaft, eine Bescheinigung über die vollständige Rehabilitierung von Johannes Stabenau aus, da „kein Strafstandsbestand vorlag“.
Am 30. Oktober 2023 wurde eine Gedenktafel mit dem Namen von Johannes Stabenau in der Grunewaldstraße 53 in Berlin-Schöneberg, seiner „letzten Adresse“, angebracht.
